你可以认为他们是同一个功能的两种不同形态，底层的实现是一样的。
watch- 显式指定依赖源，依赖源更新时执行回调函数

watchEffect - 自动收集依赖源，依赖源更新时重新执行自身

响应式依赖收集
首先先需要了解一下 Vue 3 的响应式[1] 是怎么工作的。我想很多文章都详细的讲过这个部分了，这里就简单带过一下。这里有个简化版的 ref 的实现：

const ref = (initialValue) => {
  let _value = initialValue
 // 堆代码 duidaima.com
  return {
    get value() {
      track(this, 'value') // 收集依赖
      return _value
    },
    set value() {
      _value = value
      trigger(this, 'value') // 触发依赖
    }
  }
}

访问数据时，track 被呼叫并记录下访问了的字段。而当写入数据时，trigger 被呼叫并触发之前所依赖了这个字段所绑定事件更新（即 effect - computed, watch, watchEffect 底层都是 effect），他们会被记录在一个全局的 WeakMap 中，这里就不展开了，感兴趣可以去看源码。

const counter = ref(1)

console.log(counter.value) // `track()` 被呼叫
counter.value = 2 // `trigger()` 被呼叫

当我们需要函数里的依赖时，只需要记录函数执行的过程中 track()被呼叫的次数（和对应的对象与字段）即可。例如：

const counter = ref(1)

function foo() {
  console.log(counter.value)
}

function collectDeps() {
  startTracking()
  foo() // 在这个过程中，counter 被收集
  stopTracking()
}

这样便可以知道 foo 这个函数依赖了 counter。

Watch
一个 generalised 的 watch API 应该是这样的（其他类似直接接受 ref 或者 reactive 作为参数的其实都是糖）

watch(
  () => { /* 依赖源收集函数 */ },
  () => { /* 依赖源改变时的回调函数 */ }
)

这里的依赖源函数只会执行一次，回调函数会在每次依赖源改变的时候触发，但是并不对回调函数进行依赖收集。也就是说，依赖源和回调函数之间并不一定要有直接关系。

WatchEffect
watchEffect 相当于将 watch 的依赖源和回调函数合并，当任何你有用到的响应式依赖更新时，该回调函数便会重新执行。不同于 watch，watchEffect 的回调函数会被立即执行（即 { immediate: true }）

watchEffect(
  () => { /* 依赖源同时是回调函数 */ }
)
以下两种用法在行为上基本等价

watchEffect(
  () => console.log(counter.value)
)

watch(
  () => counter.value,
  () => console.log(counter.value),
  { immediate: true }
)

与 watch 不同的一点是，在 watchEffect 中依赖源会被重复执行，动态新增加的依赖也会被收集，例如

const counter = ref(0)
const enabled = ref(false)

watchEffect(() => {
  if (enabled.value)
    console.log(counter.value)
})

// (以下忽略 nextTick)

// watchEffect 会被立即执行，因为 “enabled“ 为 false, 此时仅收集到 “enabled“ 依赖
counter.value += 1 // 无反应

enabled.value = true // Effect 触发，控制台出 "1"
counter.value += 1 // “counter“ 被作为新的依赖被收集，控制台出 "2"

enabled.value = false // 函数被重新执行，无输出
counter.value += 1 // 函数被重新执行，无输出 (虽然 counter 已经没有用了，但是作为依赖还是会触发函数）

什么时候用什么？
推荐在大部分时候用 watch 显式的指定依赖以避免不必要的重复触发，也避免在后续代码修改或重构时不小心引入新的依赖。watchEffect 适用于一些逻辑相对简单，依赖源和逻辑强相关的场景（或者懒惰的场景 ）。